Program Pra-Tahsin diberikan kepada Santri sebelum mempelajari Tahsin dengan memperbaiki pengucapan lafal huruf hijaiyah, makharijul huruf, dan memperhatikan tanda baca pada ayat-ayat Al-Qur'an.

Program Tahsin dimana Santri dapat meningkatkan dan memperindah bacaan Al-Qur'an dengan tujuan agar bacaannya sesuai dengan bacaan Rasulullah SAW.
Program Tahfidz adalah santri dapat menghafalkan Al-Qur'an di luar kepala dengan menekuni dan mengulang-ulangi proses penghafalan Al-Qur'an secara rutin.

Kajian At-Tibyan di mana santri mempelajari hadist-hadist seputar Adab dan Akhlak kehidupan yang sesuai dengan Al-Qur'an.
Fiqih di mana santri belajar dengan mempraktikan tata cara untuk melakukan ibadah sehari-hari.

Kajian Bahasa Arab yaitu santri dibimbing dan diajari Bahasa Arab mulai dari dasar sampai santri mahir berbahasa Arab.

Bimbingan Baca Kitab Kuning dimana santri mempelajari Agama Islam menggunakan kitab-kitab yang telah dibuat atau dikaryakan Oleh para Ulama.
Tafsir Al-Qur'an dimana santri mempelajari ilmu untuk dapat memahami dan menafsirkan yang bersangkutan dengan Al-Qur'an agar dapat lebih menghayati dan mengagumi arti dari tafsir Al-Qur'an tersebut.
Tadabbur Al-Qur'an dimana santri merenungi makna dan arti dari ayat-ayat Al-Qur'an secara mendalam dan berulang-ulang agar dapat memahami pesan-pesan yang terkandung pada Al-Qur'an dengan mendalam dan mencapai tujuan makna-maknanya yang terjauh.

Program Muhadharah bertujuan untuk mendidik para Santri agar terlatih dan terampil untuk berbicara di depan semua orang atau umum, seperti ceramah, untuk menyampaikan ajaran-ajaran Islam kepada khayalak umum.

Program Boarding dimana Santri akan menetap atau bermukim di Markaz Sahabat Qur'an untuk mengikuti seluruh kegiatan Al-Qur'an dengan melakukan Murokkaz 30 Juz Al-Qur'an, yaitu meninggalkan kegiatan sehari-hari dan memfokuskan kegiatan terhadap Al-Qur'an.